澳門曾受葡萄牙管治，現為中華人民共和國的特別行政區之一。仁慈堂的前身「仁慈堂弟兄會」是在十六世紀澳門開埠不久成立的，在澳門生根發芽，可以說仁慈堂的歷史與澳門歷史是一起交織發展的。而仁慈堂的創辦人賈尼勞主教（D. Belchior Carneiro）也是澳門早期重要的歷史人物之一，他參與了一五八三年澳門第一個政治機構－－澳門議事會的創辦工作。仁慈堂的歷史比澳葡政府的歷史還悠久，它清晰地反映了與澳門之間的關係－－根源密切相連。

早在1485年，是當時的葡萄牙攝政女王唐娜．萊昂諾爾（D.Leonor）推行的社會服務改革最為重要的時期，她於1498年8月15日創立里斯本弟兄會。之後，更開始在世界各地展開建立同性質的機構，澳門仁慈堂的成立就是這項活動的一個體現。

到了1569年，即賈尼勞主教到達澳門一年後，他創立了仁慈堂，並施行有效的管理。賈尼勞主教遵循天主教救治社會的原則：應該給饑餓的人食物、給乾渴的人飲水、給衣不蔽體的人衣物、給窮人和朝聖者庇護、給生病的人醫療並且讓死去的人得以安息。以自我奉獻的善行，成立了澳門歷史最悠久的社會慈善機構－－澳門仁慈堂。

在賈尼勞主教寫給耶穌會大主教的信中，正式提到了仁慈堂的成立：「當我來到這個以上帝之名聞名的港口時，當地還沒有太多葡萄牙人的房屋。我來到這裡不久就成立了一家醫院，既對天主教徒也對非天主教徒開放。我還成立了仁慈堂弟兄會，為所有窮苦人家和需要幫助的人提供救濟……」這清楚顯示了他在弟兄會的領導地位。1581年雖因健康關係推辭了所有管理職務。而他依舊深切關注積極回應澳門的需要，並設立了一家麻瘋病院。一些文史資料和當時畫作展示了他經常親自照顧麻瘋病人。上述設施和善行，使賈尼勞主教領導弟兄會在澳門歷史上寫下了重要的篇章。這所麻瘋病院就是澳門有史以來第一所社會福利服務機構。

賈尼勞主教創立的機構，幾個世紀以來持續正常運作，而管理規章亦沿用至今。

澳門幾個世紀以來一直是繁忙的貿易港口，擁有配置妥善的社會福利設施，對此，「仁慈堂弟兄會」的成績是功不可沒的。一直以來，本會都順應社會環境而作出調整，適應不同的政局，從而為本身的慈善事業取得一定經濟資源，並在澳門的社會事務，甚至政治事務中發揮作用。當然，該機構的核心工作始終是圍繞其故有宗旨，為社會上最需要幫助的人群提供援助，忠於葡萄牙王國天主教文化信仰來進行社會服務。

在悠長的歷史中，仁慈堂不僅為社會基層提供醫療和社會救濟，更參與金融等領域的活動，包括：協助向未受監管之經濟活動徵稅；扮演銀行的角色，發放信貸；推動博彩業的發展等。澳門歷史上許多重大事件，或多或少也都曾有仁慈堂的參與和見證。

仁慈堂是澳門葡人社團中的重要團體，會員主要是羅馬天主教徒和土生葡人。自澳門特別行政區成立後，仁慈堂以全新的積極姿態迎接特區的成立，其中包括：斥資修葺屬下的社會服務設施；開辦托兒服務；成立仁慈堂博物館等等。現時，仁慈堂屬下的社會服務部門有安老院、托兒所、盲人重建中心等。

早在一個多世紀前，仁慈堂已在本地開展長者服務，所在地便是廣為人知的「婆仔屋」，是仁慈堂當年收容無依婦孺的院舍，目前婆仔屋已改建為文化藝術中心。

如今設址於高園街的仁慈堂安老院，是為孤苦無依老年人而設的院舍，安老院在二零零一年進行了擴建和翻新工程，新院舍落成後可供一百二十位長者入住。重建後的安老院在設備和管理方面均是澳門最先進的長者院舍之一。

在二零零二年，仁慈堂開辦了托兒所，提供葡語和中文的學前教育，彌補澳門葡語托兒服務的不足。仁慈堂托兒所可托管258名年齡由六個月至三歲的嬰幼兒，並且因應社會的需求正進行擴建工程，日後可為更多的幼兒和家長服務。

盲人重建中心創辦於一九六零年，是澳門唯一一所為視覺受損的人士而設立的社會服務中心。中心在二零零三年進行了翻新工程。主要為失明人士提供活動場所、職業技能訓練，如毛線編織、藤編等，以助他們重返和融入社會。

除了固有的社會服務項目，本會更因應不同時期的社會需求，適時以專案形式進行捐獻，為社會貧困人士和家庭、以及有需要的地方如災區等提供支援。

此外，仁慈堂除了是一所慈善機構外，還肩負起傳承和發揚天主教和土生族群豐富的文化遺產之責任。二零零一年仁慈堂博物館開幕，展出了本澳天主教文物，館藏反映了早期西洋文化經澳門傳入中國的歷史。大部份館藏由仁慈堂的成員借出。現在，博物館已成為澳門其中一個旅遊景點，每天吸引絡繹不絕的遊客。

如今，座落於仁慈堂右巷的仁慈堂總部大樓，經過一番修葺之後，面貌煥然一新。

其中，仁慈堂新設施之一的會員中心於二零零一年一月開始運作。會員中心位於仁慈堂右巷總部大樓旁，它不僅是仁慈堂的會員和他們的親屬聚首聯誼的地方，還是華人社群及其他人士的社交好去處。中心內除了備有報刊、電視及電腦等，亦附設有小餐廳，供應午膳、茶點和土生葡人傳統食品。

作為澳門社會內的活躍團體，仁慈堂正以嶄新的精神和面貌為特別行政區市民服務。